FLIX-NANOPORE for analyzing transcription factor-DNA interactions

Written by Dr. Vanessa Jensen on 07 September 2020.

FLIX-NANOPORE for analyzing transcription factor-DNA interactions

FLIX-NANOPORE has been developed to provide the first rapid and genome-wide determination of transcription factor binding sites and transcription factor binding sequences. Transcription factors are cross-linked to DNA at the DNA binding sequence using a femtosecond laser. This is followed by proteolysis, which leaves only individual amino acids covalently bound to their DNA-binding sequence. In the nanopore, the complexes of covalently bound amino acids and nucleobases are sequenced simultaneously, allowing us to identify the transcription factor binding sites and the corresponding sequence.

FLIX-NANOPORE zur Analyse von Transkriptionsfaktor-DNA-Interaktionen

Written by Dr. Vanessa Jensen on 07 September 2020.

FLIX-NANOPORE zur Analyse von Transkriptionsfaktor-DNA-Interaktionen

FLIX-NANOPORE wurde entwickelt, um erstmals eine schnelle und genomweite Bestimmung von Bindungsstellen und Bindungssequenzen von Transkriptionsfaktoren zu ermöglichen. Die Transkriptionsfaktoren werden mit einem Femtosekundenlaser an der DNA-Bindungssequenz quervernetzt. Anschließend erfolgt eine Proteolyse, bei der nur einzelne Aminosäuren kovalent an ihre DNA-Bindesequenz gebunden werden. In der Nanopore werden die Komplexe aus kovalent gebundenen Aminosäuren und Nukleobasen gleichzeitig sequenziert, so dass wir die Bindungsstellen des Transkriptionsfaktors und die entsprechende Sequenz identifizieren können.